そんな時、現れた磁気嵐の調査のために、チンパンジーのペリクリーズが派遣される。しかし、偵察ポットは嵐に巻き込まれ、通信が途絶えてしまう。許可を受けずに、ペリクリーズ救出に向かうレオは、一人ポッドに乗り込み、発信するが、彼もまた、磁気嵐に巻き込まれ、オベロン号との連絡が途絶える。目まぐるしく変わる時間座票、レオは意識を失う。

猿の都市に着いた人間達は、軍から、奴隷商人のリンボーに引き渡される。

焼印を押される人間達、そこへ現れたのは、人間の権利の擁護を訴え続けるアリだった。彼女は、抵抗したレオと、ディナを引き取り、自分の屋敷に連れて行く。

その夜、レオと人間達は、サンダーの屋敷を逃げ出し、リンボーに捕らえられている仲間を救出して猿の都市から逃亡する。しかし、その途中、アター達に見つかってしまう。

自らがおとりとなって皆を逃がそうとした、ディナの父カルービは、セードに殺されてしまう。

アリは、反対するクリルを連れ、レオ達に同行する。

レオはポッドの沈んだ地点まで行き、水にもぐる。水を怖がり怯えるアリ。

レオはロケーターや銃の入った鞄を持って水から上がる。

移動しようとする一行に、奴隷商人リンボーたちが立ちはだかったが、レオは銃で脅し、リンボーを人質として連れて行くことになる。

病床の父を見舞うセード。しかし、父はセードに一族の秘密を明かすと息絶えてしまう。

レオたちに馬を奪われ逃げられたことを知り、激怒するセード。アターを伴い、レオたちの追撃が始まる。

レオを慕い、集まってくる人間達。レオは逃げるように説得するが、人間たちは対決を選んだ。

勝算のない戦いだったが、レオは一つの可能性に賭けた。

ポッドは静かにアームを出し、着陸する。全員が注目する中宇宙服のペリクリーズが姿を表すと、信仰の厚いアターは神の再来とあがめる。

そして故郷地球、しかし彼を待っていたのは、彼の知らない地球だった・・・。